Conan y la liga juvenil de detectives viajan a la isla Koumi junto a Kogoro, Ran, Sonoko y Agasa. Un misterio lleva a la liga juvenil de detectives a ir resolviendo un mapa del tesoro mientras que Ran y Sonoko hacen buceo. Finalmente la historia de dos mujeres piratas y su barco escondido se entrelazarán y darán mucho juego en una aventura increíble. Ran se vera envuelta en un problema que Conan deberá resolver.