Un día, una mujer llamada Chiyome Hesogakure con un niño llamado Chinzō visita a la familia Nohara y afirma que ella es la verdadera madre de Shinnosuke y se lo lleva a una Aldea Ninja. En Ninja Village, la familia Hesogakure ha estado protegiendo el ombligo de la tierra bloqueándolo con un tapón de oro puro utilizando la técnica Mononoke que se ha transmitido de generación en generación. Si se desprende, la tierra se marchitará, la rotación se detendrá y ¡el mañana del mundo se perderá! Depende de Shinnosuke revelar el misterio de su nacimiento y proteger el futuro de la tierra y el mañana de su familia.